病毒变异是病毒形成和进化的基础，病毒变异可以引起病毒毒力的改变。病毒的变异包括许多方面，就表型的改变而言，有毒力变异和抗原变异、蚀斑或病斑的变异以及对某些理化学因子的抵抗力或依赖性的变异等。“毒力”表示毒株或毒型间病原性的差异，具体表现为所能感染的动物、组织和细胞范围及其引起的症状、死亡率和病变的程度不同。抗原变异即通常所谓的病毒“型”，实质上是病毒抗原性差别的表现。

1.病毒株基因组碱基序列的变异

突变株是指病毒基因组碱基序列发生改变，而导致病毒表型性状发生改变的毒株。突变可以使自发的，也可以经诱导发生。一般情况下，环境因素对突变起到选择作用，不起诱导作用。

2.病毒基因组之间的重组与重配

在两种或以上有亲缘关系但生物学性状不同的毒株感染同一种细胞时，两者相互作用发生核酸水平上的互换和重新组合，形成了兼有两亲代病毒特性的子代病毒。

3.病毒基因组与细胞组的整合

病毒基因组自身序列改变，两种以上病毒基因组之间的重组和重配及两种病毒基因产物之间的互补、交换和混合均可导致病毒发生遗传变异。

病毒的变异可以使其适应环境的变化，又可避免宿主的免疫监视作用。在医学病毒中，具有以下几种临床意义。

1.病毒致病性作用

病毒的致病性与其致病基因有直接关系。某些病毒的基因突变，直接影响致病的作用，如流感病毒、HIV病毒的变异很容易造成感染的流行。

2.诊断病毒性疾病中的作用

病毒的表型改变和基因组变异严重影响着病毒性疾病的诊断和流行情况的检测。确定病毒核酸的高度保守序列，可应用于核酸杂交、PCR等基因诊断技术。

3.治疗病毒性疾病的作用

只有充分了解病毒基因组的结构、功能和病毒遗传变异情况，才能有效设计出针对病毒复制、致病过程关键部位、关键酶的靶向药物。

4.病毒感染预防

疫苗的应用是控制病毒性疾病最有效的方法。充分了解病毒遗传变异情况，利用病毒作载体，可制备预防多种病毒性疾病的疫苗。