人的胃内可能含有比身体其他部分更多的细菌，这是因为胃内不仅包括了各式各样的带有细菌的外来食物，而且还含有大量来自唾液、痰以及包括鼻咽扁桃体在内的上呼吸道分泌物内的细菌，因而即使在正常胃液内的细菌，可以有各种各样的细菌、真菌和酵母。胃液中含有盐酸，对各种细菌有强烈的杀害或抑制作用，因而不利于细菌生长。正常胃液中检不出确定的菌丛。在低酸或有食物滞留时可以出现一些有意义的细菌。

在禁食12小时后，将胃管从口腔或鼻腔插入。当达到切牙于管端相距50～60cm处时，首先抽空全部空腹胃液，然后连续抽取胃液1小时，以50～80mmHg负压持续吸引。这样持续抽取，可保证胃液的采取率在90%以上。如间歇15分钟抽1次，胃液采取率将大大下降。最后将收集的1小时胃液全部送检，做BAO测定。

培养无菌生长。胃液中出现酵母菌，多见于消化性溃疡、幽门梗阻。肥大性胃炎等引起的食物潴留；抗酸分枝杆菌，在胃结核、肺结核、喉结核等时，在胃液中可找到结核分枝杆菌。多由肺结核患者将含有结核分枝杆菌的痰液咽入胃内所致；化脓杆菌大量出现同时伴有胃黏膜柱状上皮时，提示胃黏膜有化脓性感染；若伴有胆道上皮则可能有胆道炎症。在胃液中发现幽门螺杆菌与溃疡病、胃炎等有关。

抽取胃液时，有食管静脉曲张、食管狭窄、食管肿瘤、严重心脏病、动脉硬化和主动脉瘤的疾病史者，需忌插胃管。胃大量出血者，一般需在出血停止2周以上才能进行检查。胃溃疡活动期也不适合插管。